En 1750 ganó el premio de la Academia de Dijon por su Discours sur les sciences et les arts (Discurso sobre las ciencias y las artes, 1750), y en 1752 su ópera Le devin du village (El sabio del pueblo) fue interpretada por primera vez. En los anteriores, y en su Discurso sobre el origen de la desigualdad entre los hombres (1755), expuso su opinión de que la ciencia, el arte y las instituciones sociales han corrompido a la humanidad y que el estado natural, o primitivo, es superior, en el plano moral, al estado civilizado. Voltaire atacó las opiniones de Rousseau y por ello los dos filósofos fueron enemigos enconados. En 1756 se retiró a Montmorency, donde escribió la novela Julia o la nueva Eloísa (1760). En su famoso tratado político El contrato social (1762) expuso argumentos para libertad civil y ayudó a preparar la base ideológica de la Revolución Francesa al defender la voluntad popular frente al derecho divino. En su estudio Emilio (1762) señala la importancia de la expresión antes que la represión para que un niño sea equilibrado y librepensador. En 1762 escapa a Prusia y después a Inglaterra, donde fue amparado por el filósofo escocés David Hume. No obstante, pronto se enemistaron en cartas públicas y polemizaron entre ambos. Durante su estancia en Inglaterra preparó el manuscrito de su tratado sobre botánica publicado póstumamente, La Botanique (La Botánica, 1802).
